L’ADN environnemental (ADNe) a encore beaucoup à offrir. Qu’il s’agisse d’étendre la diversité connue (Juhel et al. 2022), de revisiter les profils écologiques mondiaux (Marques et al. 2020) ou de remettre en question les paradigmes de conservation (Boulanger et al. 2021) (et bien d’autres études encore…), l’ADNe a bouleversé le monde de l’écologie. Aujourd’hui, cette technique sera utilisée pour réviser ce que nous pensions savoir sur la répartition des espèces de poissons côtiers.
En France, un nouveau projet scientifique appelé BioDivMed a été lancé. Il est porté par l’Université de Montpellier, un laboratoire commun financé par l’ANR entre l’unité de recherche Marbec et l’entreprise SpyGen et est soutenu par l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse.
Le projet BioDivMed utilisera des techniques d’ADNe de pointe pour redéfinir la répartition des espèces marines de poissons sur la côte méditerranéenne française. Cette technique consiste à prélever des échantillons d’eau et à analyser l’ADN laissé par les organismes marins dans l’eau. Le projet vise à développer une nouvelle base de données complète sur la distribution des espèces de poissons dans la région. Une première cartographie de la biodiversité marine (résolution de 10 kilomètres) sera mise à disposition de l’ensemble des acteurs, des gestionnaires d’espaces protégés et du public sur les plateformes cartographiques Medtrix (https://medtrix.fr/) et Vigilife Maps (Observatoire Mondial du Vivant, dont l’Université de Montpellier et SpyGen sont deux membres fondateurs) en 2024.
Un effort d’échantillonnage sans précédent
Cette opération exceptionnelle, qui prévoit la réalisation de 700 échantillons d’ADNe sur 2 000 km, permettra la première cartographie fine et synchronisée de la biodiversité marine en Méditerranée française, depuis la zone côtière, incluant les lagunes, les embouchures de fleuves et les ports, jusqu’au sanctuaire Pelagos, entre la Corse et le continent. Jamais un tel inventaire synchronisé et standardisé de la biodiversité marine n’a été entrepris sur le territoire français.
Cet effort sans précédent est le fruit de la collaboration et de la synergie de quatre campagnes océanographiques prévues cette année entre mai et août 2023 :
- PISCIS, campagne de suivi de l’état de santé des herbiers de posidonies et du coralligène mise en œuvre pour le compte de l’Agence de l’eau par Andromède Océanologie ;
- PIAF, étude de la vie marine des substrats meubles et sableux, coordonnée par l’Université de Montpellier ;
- L’expédition OceanoScientific qui suivra la côte méditerranéenne de l’Italie à l’Espagne pour collecter des échantillons d’ADNe ; informer et sensibiliser aux questions liées à l’océan et à sa biodiversité en réalisant le Sea & Trades Tour du programme Façade Méditerranéenne Exemplaire – Famex 2030 ;
- L’expédition Pelagos de l’association We are Méditerranée, dont l’ambition est d’étudier la vie marine dans la zone pélagique, en particulier celle du sanctuaire Pelagos, une aire marine protégée (Aspim) visant à protéger les mammifères marins dans un triangle comprenant les continents français et italien et incluant la Corse au sommet.
Dates clés pour les campagnes BioDivMed 2023
- 27 avril 2023 : Lancement du programme PIAF depuis Carnon
- 9 mai 2023 : Lancement de l’expédition Pelagos depuis le port de Nice
- 20 mai 2023 : Lancement de l’expédition OceanoScientific depuis Port-Saint-Louis-du-Rhône
- 8 juin* 2023 : Présentation de la Mission BioDivMed 2023 à Montpellier en présence des partenaires et de la presse.
- 6 juin 2023 : Lancement du programme PISCIS depuis Carnon
- 8* juin 2024 : Présentation des résultats finaux et d’une carte de la biodiversité marine française en Méditerranée
* Le 8 juin est la journée mondiale des océans
Références
Jean-Baptiste Juhel, Virginie Marques, Rizkie Satriya Utama, Indra Bayu Vimono, Hagi Yulia Sugeha, Kadarusman Kadarusman, Christophe Cochet, Tony Dejean, Andrew Hoey, David Mouillot*, Régis Hocdé* and Laurent Pouyaud. (2022) Estimating the extended and hidden species diversity from environmental DNA in hyper-diverse regions. Ecography, e06299. https://doi.org/10.1111/ecog.06299
Virginie Marques, Tristan Milhau, Camille Albouy, Tony Dejean, Stéphanie Manel, David Mouillot, Jean-Baptiste Juhel(2020) GAPeDNA: Assessing and mapping global species gaps in genetic databases for eDNA metabarcoding. Diversity and Distribution, 00:1-13. https://doi.org/10.1111/ddi.13142
Emilie Boulanger, Nicolas Loiseau, Alice Valentini, Véronique Arnal, Pierre Boissery, Tony Dejean, Julie Deter, Nacim Guellati, Florian Holon, Jean-Baptiste Juhel, Philippe Lenfant, Stéphanie Manel and David Mouillot (2021) Environmental DNA metabarcoding reveals and unpacks a biodiversity conservation paradox in Mediterranean marine reserves. Proceedings of the Royal Society B, 288: 20210112. https://doi.org/10.1098/rspb.2021.0112
